黄琦主要研究方向为电力系统广域测量与控制、大电网分析与控制、智慧能源信息支撑技术、智能电网测量和测试等方面；承担国家重点研发计划、国家自然科学基金等国家级和省部级项目20余项，获中国仪器仪表学会一等奖1项、四川省科技进步奖二等奖1项、教育部优秀科技成果二等奖1项；发表学术论文200余篇，其中SCI 论文100余篇，Wiley-IEEE专着2部，申请专利100余项，获授权国家发明专利50余项、美国专利1项。

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